袁世凱就任臨時大總統(tǒng)后，任命段祺瑞為陸軍總長。段極其飛揚跋扈，曾逼得保定軍校校長蔣百里自殺。段的專橫引起袁世凱的不滿，袁、段之間開始出現(xiàn)裂痕。
袁世凱就任了臨時大總統(tǒng)之后，論功行賞，派人帶信給段祺瑞，讓他把湖北的事安排一下，第一軍軍統(tǒng)擬由段芝貴前來接任。來人對段祺瑞說：“總統(tǒng)的意思，是要你回去做陸軍總長。”
在內(nèi)閣各部中，陸軍部無疑是最重要的部之一，南方也在極力爭取該部總長一職，提出由黃興出任陸軍總長。袁世凱自然不會同意，于是決定把段祺瑞從湖北調(diào)回來。就這樣，段祺瑞成為民國以來北京政府的第一任陸軍總長。
本來軍事方面按照體制應(yīng)由參謀部和陸軍部管理，然而參謀總長黎元洪遠在武漢，參謀次長陳宦負責(zé)一些具體事務(wù)，真正的實權(quán)都掌握在陸軍部手里。陸軍部負責(zé)全國陸軍的調(diào)遣、擴裁、軍需及人事任免等，段祺瑞大權(quán)在握，炙手可熱。袁世凱雖然信任段祺瑞，然而對功高震主、尾大不掉的段卻是始終警惕。
１９１２年３月１３日，他在總統(tǒng)府設(shè)立了兩個“左右手”組織，一個是秘書廳，一個是軍事處，一個是用來控制內(nèi)閣的，一個是用來試圖掌握軍權(quán)的。軍事處處長原為同盟會的李書城，但他一點權(quán)力也沒有，連文件也看不到，不久便被氣走了，副處長傅良佐是段祺瑞的門生部下，段祺瑞根本不把軍事處擺在眼里，軍事處的意見，他愛理不理。有時候連袁世凱的批示也拖著不辦，因而時常引起袁世凱的不快。
這年夏季，袁克定找到段祺瑞想在陸軍部安插一個同鄉(xiāng)，因為段祺瑞的繼室是袁世凱的義女張佩蘅，袁克定便說：“大哥，此事就拜托你了?！?/p>
段祺瑞當(dāng)了陸軍總長，卻很少到部辦公，大小事情都由次長徐樹錚一手操辦，而徐樹錚又極其跋扈，引起許多人的不滿，連袁世凱都有耳聞。
被推薦的人持袁克定的信函找到段祺瑞，段正在下圍棋，不耐煩地批個“交徐辦”，讓他去找徐樹錚，徐樹錚則讓秘書把批文留下。幾天后，那人來見徐，徐樹錚說：“你去查查批文吧，我已經(jīng)批過了?！蹦侨艘詾槭虑橐呀?jīng)辦妥，高高興興地跑到秘書那里去查，只見批文是：“查本部已無空缺，批駁，驗過?！?/p>
這自然讓袁克定大失面子，又在袁世凱面前提及此事：“陸軍部簡直目中無人！有時連您的話也不放在心上?！痹绖P聽了便說：“徐樹錚這個人太狂妄了，芝泉怎么會用這樣的人！”袁世凱內(nèi)閣成員，后排左三為段祺瑞“我看未必。許多事情雖然是徐出面，背后要沒有段合肥支持，他敢這樣嗎？”袁世凱頓時沉下臉，“不要胡說！”
然而，蔣方震自殺事件卻使袁世凱感到，段祺瑞是越來越不順心了。
蔣方震，字百里，曾是日本士官學(xué)校第三期學(xué)生，在考試中名列第一，從而成為中國留學(xué)生中獲得天皇授刀的第一人。在德國深造期間，又受德國軍事家小毛奇的賞識，回國后在禁衛(wèi)軍任職，不久晉升為陸軍少將。１９１３年冬，袁世凱任命他為保定軍校的校長。然而，蔣方震的任命，袁世凱事先沒有與段祺瑞打招呼，段祺瑞很惱火，加之北洋軍事教育系段一手創(chuàng)建，而蔣方震想另搞一套，于是陸軍部便在經(jīng)費、用人等方面橫加刁難。段的親信、陸軍部軍學(xué)司司長魏宗翰更是視其為眼中釘。
蔣方震是個書生，一心埋頭軍事學(xué)，其才學(xué)為人所嫉，而他所提倡的德國化教育也使不少人反感。魏宗翰驕橫地說：“蔣百里那一套根本行不通，就是行得通，軍學(xué)司這一關(guān)也過不了。”不久，由于軍校擴建的事，蔣、魏二人發(fā)生了直接沖突。
軍校擴建計劃是蔣方震花了不少心血精心制訂的，曾征得袁世凱的同意。蔣方震以為計劃指日可成，于是滿懷信心在全校師生大會上讀了這一計劃，但軍學(xué)司卻遲遲沒有下文。蔣方震于是通過傅良佐詢問此事，魏宗翰以“需要研議”答復(fù)之?！把凶h”了很長一段時間，蔣方震終于等不得，親自跑到陸軍部找魏宗翰，魏宗翰不客氣地說：“你的計劃沒通過，部里拿不出這筆錢?！笔Y方震則說，此事已經(jīng)向全校宣布過，何況袁總統(tǒng)和軍事處都表示贊同此事。
“那好，你的面子大，你去找總統(tǒng)！”魏宗翰諷刺道。蔣方震氣得渾身發(fā)抖，指著魏宗翰的鼻子罵：“我算認(rèn)識了你們這班狐群狗黨的下流軍人！”
回到保定后，蔣方震立即召集了全校師生，在講壇上痛哭流涕，表示自己上對不起國家，下無顏對同學(xué)，當(dāng)場掏出手槍自殺。幸虧貼身衛(wèi)兵李如意沖上去奮力奪槍，子彈才偏離心臟，僅使胸部受了重傷，搶救后脫離危險。
魏宗翰之所以這么跋扈，就是因為有段祺瑞的支持，袁世凱雖然不滿，但表面上也不便于說什么。蔣方震傷好后，袁世凱委任他為陸海軍大元帥統(tǒng)率辦事處的參議，但陸軍部卻頂著不發(fā)委任狀，倘沒有段祺瑞的指使，誰有這個熊心豹子膽？
這時候，袁世凱正與國民黨斗法，他指使人暗殺了宋教仁。內(nèi)閣總理趙秉鈞在此案中嫌疑很大，已成為眾矢之的，只好提出辭呈，袁世凱于是讓態(tài)度強硬、作風(fēng)武斷的段祺瑞代理國務(wù)總理。宋案未了，袁世凱背著國人與五國銀行團簽訂“善后大借款”的消息也傳了出來，在國會中占優(yōu)勢的國民黨議員要求代總理段祺瑞到會回答質(zhì)問。
這是５月上旬的一天，荷槍實彈全副武裝的士兵封鎖了國會的各個通道，包圍了會場。正當(dāng)議員惶惶之際，忽聽得一聲“段總理到！”
士兵們紛紛立正，持槍敬禮。代總理段祺瑞身著陸軍上將服，挎著指揮刀，滿臉肅穆，在衛(wèi)兵的簇擁下，大步走進會場，在議員們驚愕的目光下坐在主席臺上。全場鴉雀無聲，等著段祺瑞發(fā)話。段祺瑞就座后，將指揮刀豎在胸前，一臉殺氣。
當(dāng)一個議員提及“善后大借款”時，段祺瑞猛地站起，全場悚然一驚。段祺瑞環(huán)視一周，干巴巴地說道：“木已成舟，勿庸再議?！?/p>
在段祺瑞眼里，國會質(zhì)問真是多此一舉，議員們拿錢喝酒玩耍就成了，何必在這添亂子？
袁世凱要的就是段祺瑞的強硬，正好借之對南方用兵。結(jié)果，北洋軍在短短兩個月內(nèi)便鎮(zhèn)壓了二次革命，北洋勢力進入長江流域，而段祺瑞內(nèi)閣被稱為“戰(zhàn)時內(nèi)閣”。
二次革命失敗后，孫中山、黃興流亡海外。１０月初，袁世凱當(dāng)選為正式總統(tǒng)。１０月１０日，在太和殿舉行了總統(tǒng)就職和開國紀(jì)念的盛大慶典，下午，北洋軍舉行了盛大閱兵式，由段祺瑞作檢閱總指揮長。
天氣雖然不好，下起了雨，但閱兵卻極為成功，袁世凱極為滿意，說：“我看陸軍總長該記頭一功。”“總統(tǒng)過獎了。”段祺瑞推辭道。
雨越下越大，大家勸袁世凱回去休息，袁世凱臨走前，把自己的黑色呢披風(fēng)披到段祺瑞身上，說：“都是自己人，不必推辭。”受此殊榮，段祺瑞極為感動。不久，他又為袁世凱去了一塊心病。
副總統(tǒng)黎元洪是“開國元勛”，一直留在武漢，袁世凱對此很不放心，曾經(jīng)幾次想請黎元洪北上，都被黎巧妙地推辭了。這次，他決定讓段祺瑞出馬去武漢“勸駕”。
段祺瑞于１２月到達武漢，住在副總統(tǒng)官邸兩天。在段祺瑞的“勸駕”下，或許是由于在湖北的北洋軍第２師的“勸駕”，黎元洪北上。這時，袁世凱早就任命段祺瑞為湖北都督了。大局稍定，段祺瑞把湖北都督讓給了段芝貴，自己返回北京。一來一回僅兩個月，段祺瑞就幫袁世凱把黎元洪“請”進了京，從而完成了對湖北的控制。
段祺瑞回到北京已是１９１４年１月了。此時，聲勢浩大的白朗起義在河南所向披靡，如入無人之境，揚言要挖掉“托名共和，厲行專制”的袁世凱的祖墳，同時懲治了一些罪大惡極的外國人。各國駐華使節(jié)紛紛表示抗議和驚慌，袁世凱坐立不安，大罵河南都督張鎮(zhèn)芳和護軍使趙倜無能，準(zhǔn)備調(diào)段祺瑞去河南“剿匪”。１９１４年１月１４日晚８時，段祺瑞的專車抵達開封。２月，段祺瑞代張鎮(zhèn)芳為河南都督，統(tǒng)一指揮豫、鄂、皖三省正規(guī)軍兩萬多人圍剿白朗。８月，白朗戰(zhàn)死，起義失敗。
從這些事情看，段祺瑞不可不謂對袁世凱忠心耿耿，殫精竭慮。然而，隨著袁世凱地位日益鞏固，兩人矛盾也日益尖銳突出了，以至于到了段祺瑞連陸軍總長也做不下去的地步。
段祺瑞秉性剛直，剛愎好強，對袁世凱盡心盡力卻不事趨奉，因而對袁世凱包辦一切的做法加以抵觸。袁世凱生性狐疑，加上旁人的挑撥，袁世凱對段祺瑞越來越不放心了。
１９１４年５月９日，袁世凱決定在原來總統(tǒng)府軍事處的基礎(chǔ)上，建立陸海軍大元帥統(tǒng)率辦事處，由他親自掌握，陸、海、參謀三部總長均為辦事處的大辦事員，實際上是收回了分散于三部的軍權(quán)。事情一開始，袁世凱瞞著段祺瑞，而讓坂西利八郎和王士珍參與籌劃，等到事情差不多時，才告訴段祺瑞。袁世凱的猜忌，使段祺瑞充滿了怨氣，他對身邊的人發(fā)牢騷說：“當(dāng)年朝廷不信任項城，今天倒好，總統(tǒng)也不相信我了。如此下去，他還能信誰呀？”
袁世凱聽到了這話，解釋說，當(dāng)時段祺瑞身在開封，沒法與他商討，最后讓段祺瑞不要多心。段祺瑞更為寒心，自己的話怎么這樣快就傳進了袁世凱的耳朵？
到了８、９月份，袁世凱決定成立模范團。成立模范團，表明袁對小站宿將的疑忌，要以模范團來改造北洋軍，而袁克定于此事最為熱心。模范團原準(zhǔn)備建成一個軍，但袁世凱怕引起北洋將領(lǐng)的反感與不安，于是縮小為師，繼而為團，其實相當(dāng)于個混成旅。其人員配備，均由袁克定操縱，其裝備、待遇均優(yōu)于其他部隊，儼然成為袁世凱的“御林軍”。
段祺瑞對此事一直持反對態(tài)度，當(dāng)袁世凱問他時也不置可否。以后統(tǒng)率辦事處又專門開過幾次會商議模范團的事，段祺瑞不是借故不到，就是到會一言不發(fā)。袁世凱本想讓袁克定當(dāng)團長，段祺瑞則當(dāng)面否定說：“我看他不行吧。”半天沒有結(jié)果，袁世凱怒氣沖沖地說：“你看我行不行？”于是，袁世凱自兼模范團團長。段祺瑞嘴上不說，心中暗自生氣。段祺瑞有個外號叫“段歪鼻”，一生氣就歪鼻子，但這種情況很少見，只有在他極其惱怒的情況下才出現(xiàn)。這一次，段祺瑞的鼻子又歪了。
１９１４年１０月，模范團成立了，袁世凱自兼團長，但到第二期時，便把團長讓給了袁克定。模范團一事，加深了袁氏父子和段祺瑞之間的裂痕。
段祺瑞反對袁世凱稱帝，被袁軟禁。當(dāng)“稱帝”受到全國反對之時，袁還是請出段出來平息風(fēng)波。袁死時，對段說，一切都交給你了，段把袁的葬禮辦得隆重?zé)崃?，以示不忘知遇之恩?/p>
１９１２年３月，袁世凱想當(dāng)皇帝的謠言開始流傳。６月２５日，他專門為此通電辟謠。到１９１３年９月二次革命被鎮(zhèn)壓下去后，袁的親信就有人進言，隱隱地提到實行帝制。
段祺瑞是反對帝制的，他一直不相信袁世凱企圖做皇帝的說法，多次在公開和私下的場合為袁辯解。然而，流言越來越多，終于有一天徐樹錚告訴他，有人在暗中策動袁世凱當(dāng)皇帝，段芝貴、雷震春、張鎮(zhèn)芳都是局中人，段祺瑞于是在一天晚飯后邀請段芝貴來打麻將。
打完麻將后，段祺瑞把段芝貴留了下來，問他有關(guān)帝制的傳聞。段芝貴雖然一直熱心袁世凱當(dāng)皇帝，卻堅決否認(rèn)袁世凱有這個企圖，而且表明自己也不清楚是怎么回事。最后，段芝貴問：“假若，我說的是假若，老頭子有此意思，你看法如何？”
“萬萬使不得！”段祺瑞毫不猶豫地說，“此種事必遭天下人反對?！?/p>
不久，段祺瑞又問雷震春，雷震春也矢口否認(rèn)。１９１４年春天，等到段祺瑞從開封回到北京，袁世凱欲帝制自為的風(fēng)聲已經(jīng)路人皆知了。袁世凱先下令解散國會，推行新約法，成立政事堂，又大規(guī)模地恢復(fù)清朝制度和官場儀式。一時間，復(fù)古浪潮甚囂塵上，但袁世凱表面沒能承認(rèn)帝制，只在暗中慫恿和操縱。段祺瑞這時也不能不有幾分相信了，他決心對袁忠言相勸。當(dāng)他向袁世凱提及此事時，袁世凱卻平靜地反問道：“你這些話從哪里聽來？”
“外邊都傳得有聲有色，總統(tǒng)難道未曾耳聞？”
“荒唐！”袁世凱有些怒氣，“簡直荒唐！”他停了一下，又說，“這些都是無稽之談。有些人就愛無風(fēng)起浪，我總不能封住他們的嘴吧？”
“不過，此種傳聞對總統(tǒng)極為不利，對造謠惑眾者應(yīng)予嚴(yán)懲?！倍戊魅鸬姆胃詤s使袁世凱摸清了他對帝制的態(tài)度，感到這個昔日的左膀右臂在帝制的問題上不能為自己出力，反而會橫加阻撓，于是產(chǎn)生了走馬換將的想法。然而，怎么樣才能明正言順地撤去段祺瑞呢？
１９１５年１１月，袁世凱公開暗示了自己對帝制的態(tài)度，他說：“宣統(tǒng)滿族，業(yè)已讓位，果要皇帝，自屬漢族，清系自明取得，便當(dāng)找姓朱的，最好是明洪武的后人，如尋不著，朱總長（朱啟鈐時任交通總長）也可以做?！保保苍拢玻橙眨绖P仿照歷代皇帝在天壇舉行了祭天儀式，把復(fù)古浪潮推向了頂峰。
在帝制活動逐漸公開之時，段祺瑞基于對袁世凱當(dāng)年的“知遇之恩”，再次慨然相勸，袁世凱卻模棱兩可，敷衍了事?？吹搅嗽绖P對談話心不在焉的樣子，段祺瑞動情地說：“總統(tǒng)，祺瑞自小站跟隨總統(tǒng)，鞍前馬后，將近二十年，總統(tǒng)知遇之恩，祺瑞沒齒難忘。如今國勢危殆，倘有變動，后果不堪設(shè)想。祺瑞無知，赤誠可鑒，望大總統(tǒng)三思?！?/p>
袁世凱也裝作推心置腹的樣子說道：“芝泉，你是我的老部下，難道還不了解我嗎？我可以告訴你，皇帝我是絕不做的。如今我這個大總統(tǒng)與皇帝又有何異？如為兒孫計則更不可?？硕ㄊ莻€殘廢，其他幾個亦無此才能。你盡可放心，不要胡思亂想。”
段祺瑞一片愚忠，袁世凱考慮的卻是由何人來代替他任陸軍總長。最先打算由蔡鍔取代段，但未能實現(xiàn)。袁世凱又轉(zhuǎn)而說服王士珍，王士珍雖然與段祺瑞有矛盾，但兩人畢竟是小站的老朋友，也抹不下面子，極力推辭。老謀深算的袁世凱于是想釜底抽薪，調(diào)開徐樹錚。
徐樹錚是段祺瑞的得力助手和智囊。此人聰明絕頂，才華出眾，１２歲時中了秀才，在小站時就投奔了段祺瑞，被送往日本士官學(xué)校學(xué)習(xí)，回國后，一直受到段的信任和重用。先后擔(dān)任軍學(xué)司司長、軍馬司司長兼管總務(wù)廳事，并創(chuàng)辦了陸軍部的機關(guān)報平報。１９１５年，升為陸軍次長。段祺瑞經(jīng)常不到部里，陸軍部大權(quán)被徐樹錚掌握。如果調(diào)開徐樹錚，等于砍去了段祺瑞一只胳膊，段在陸軍部的勢力自然大為削弱。
當(dāng)袁世凱婉言提出要調(diào)徐樹錚去參謀部時，段祺瑞竭力壓著心中的怨憤與怒氣，說：“很好，請大總統(tǒng)先撤了我再說吧?！?/p>
雖然這樣，段祺瑞仍苦口婆心地勸袁世凱不要冒天下之大不韙，這愈發(fā)引起袁世凱的厭憎之心。連徐樹錚都明白袁世凱是鐵了心要當(dāng)皇帝，段祺瑞去勸他只不過是徒費口舌，而且會加劇兩人的分裂，段祺瑞卻一意孤行。
一次，段芝貴也勸段祺瑞：“老頭子向來很器重你，可你在帝制問題上卻一直頂牛，他怎能不生氣呢？何況，總統(tǒng)、皇帝還不是一回事，你何必太認(rèn)真？”
段祺瑞皺著眉說：“那可不是一回事。項城做總統(tǒng)，見面只要敬禮、拉拉手就可以了，如果做了皇帝，見他就得磕頭，話也得跪著說。我最恨這種長子變矮子的把戲?！倍戊魅鸩幌矚g磕頭，他認(rèn)為自己身為軍人，軍禮則表示最大的敬意，當(dāng)年西太后從西安返回北京時，沿途官員、將領(lǐng)及清軍皆跪下迎接，惟有段祺瑞部皆站立持槍敬禮，表示最大的敬意。載灃加以嚴(yán)斥，段祺瑞毫不退讓，鬧到西太后那里。那拉氏經(jīng)八國聯(lián)軍之后，對洋人事事順從，聽說這是洋禮，也就默許了，事情就這樣不了了之。
段祺瑞對袁世凱的“虔誠”卻被袁認(rèn)為是背叛。袁世凱對他說：“你回去吧！我看你臉色不好，應(yīng)該休息了?！苯又腥松祥T來勸段祺瑞身體不好，應(yīng)該注意休息。１９１５年５月３１日，段祺瑞被迫稱病請辭，袁世凱假惺惺地給假兩個月。８月２９日，假期將滿之際，袁世凱正式解除了段祺瑞陸軍總長的職務(wù)。
段祺瑞稱病后，袁世凱任命王士珍署理陸軍總長，隨后又解除了徐樹錚陸軍次長的職務(wù)，同時加強了對段祺瑞的監(jiān)視，在段府附近安排了不少密探，“病中”的段祺瑞實際上已被袁世凱軟禁。
８月１４日，以楊度為首的籌安會成立，段祺瑞大受震動，先后兩次去總統(tǒng)府，但袁世凱避而不見。段祺瑞的續(xù)弦張夫人是袁世凱的義女，她是前清江西巡撫張芾的侄孫女，其父張瀛為袁世凱之至交，張瀛夫婦去世后，袁世凱便將張女收為義女撫養(yǎng)。兩家本來關(guān)系親密，現(xiàn)在卻難得走動。
１９１５年１２月１２日，袁世凱帝制自為，改中華民國為中華帝國。次日，袁在居仁堂匆匆登基。段祺瑞沒有參加“登基大典”，他在公館與徐樹錚說：“項城作孽?。 ?/p>
徐樹錚也慨嘆：“天作孽，猶可違；自作孽，不可逭?！?/p>
袁世凱稱帝后，果然如段祺瑞預(yù)料的一樣，局勢一發(fā)不可收拾，眾叛親離。袁世凱本來對軍事和外交一直充滿信心。外交上，他原以為“二十一條”簽署后，日本人會信守諾言支持帝制，結(jié)果卻不然。日本見抗議帝制的聲浪日益高漲，便開始新的投機，先后聯(lián)合英、俄、法、意向袁世凱提出緩辦帝制的五國勸告，又在暗中協(xié)助蔡鍔、梁啟超等反袁人士繞道日本進入云南。這對袁世凱的打擊很嚴(yán)重。
軍事上也是一團糟糕，北洋軍昔日的威風(fēng)蕩然無存。這時后院又起火，馮國璋聯(lián)絡(luò)長江巡閱使張勛、江西將軍李純、山東將軍靳云鵬、浙江將軍朱瑞聯(lián)名發(fā)出致各省將軍的密電，征求撤銷帝制的意見?！拔鍖④娒茈姟眰鞯奖本?，袁世凱知大勢已去，在四面楚歌聲中，只得把段祺瑞請了回來。段祺瑞是反對帝制的，但他不反袁，他說：“要我公開反對袁項城，做不到。否則，人家要指我脊梁骨，罵我忘恩負義?！?/p>
在徐世昌的建議下，袁世凱準(zhǔn)備請回段祺瑞，為了避免碰釘子，袁事先讓夫人于氏打電話到段公館給張夫人，這是兩家斷絕來往后母女第一次通話，相對哽咽。于夫人便把意思告訴了張夫人，并叮囑道：“不管咋說，總統(tǒng)病了，芝泉總得來看看吧?！?/p>
次日，袁世凱派人手持親筆信函赴段公館邀請段祺瑞，來人還帶口信說，總統(tǒng)讓轉(zhuǎn)告總長，請看在多年的老交情上，務(wù)必前往一敘。段祺瑞不再推辭，到中南海拜晤袁世凱，袁世凱躺在病榻上，面色赤紅，但說話正常。見到段祺瑞，袁表示自己后悔沒有聽段的話，以致今日內(nèi)外交困，希望段念及小站的情分，出來穩(wěn)定局面。段祺瑞看到袁世凱又老又病的樣子，何況又認(rèn)了錯，于是慨然答應(yīng)竭力相助。
３月２０日，袁世凱召集徐世昌、段祺瑞、黎元洪三巨頭開了一次緊急會議?？吹秸l也不肯先發(fā)言，袁世凱只好自己先說：“事至今日，帝制已不可為，只有取消了。取消帝制后，可以恢復(fù)從前的樣子。”袁世凱的意思是想繼續(xù)擔(dān)任大總統(tǒng)，撤銷帝制是最后的讓步，在總統(tǒng)問題上絕不妥協(xié)?！爸ト?，你說說吧？”
段祺瑞自見到了袁世凱，便開始考慮穩(wěn)定時局的措施，這時不慌不忙地說出了幾點，主要意思是首先取消帝制，寬容西南起事人員，采取和平姿態(tài)達到停戰(zhàn)目的，其主張與袁世凱出山時向清廷提出的條件有驚人的相似處。袁世凱有些不快，然而說道：“芝泉的意見很好，但若南方欺人太甚，得寸進尺，那將怎么辦？”
段祺瑞說現(xiàn)在不能一味用武，先退一步再說，事情總有解決的辦法。看到段祺瑞表示取消帝制后，仍承認(rèn)他的大總統(tǒng)地位，袁世凱稍稍放了心。
第二天，袁世凱又召集有關(guān)人員，討論撤銷帝制問題，并通過了關(guān)于取消帝制的電稿，送往印鑄局，準(zhǔn)備當(dāng)天晚上通電全國?？墒侵钡降诙欤矝]有見到通電。段祺瑞急了，連忙打電報詢問，印鑄局說電稿送來后不久又被袁世凱派人取回去了。段祺瑞吃驚不小，連忙會同徐世昌直奔中南海。
袁世凱面容平靜，淡淡地說：“哦，是我叫人取回的?！蓖Ａ艘粫纸忉尩溃骸袄镱^有幾個字，我想改動一下，改好后就讓人送回去?！倍戊魅鸷托焓啦济靼资虑榻^不會如此簡單。
據(jù)說袁克定知道電稿后，對袁世凱說，西南方面不讓你做皇帝，你便取消帝制，若不滿你做總統(tǒng)，你怎么辦？遂有袁世凱撤回電稿之舉。然而撤回電稿之后怎么辦？
３月２２日，袁世凱還是發(fā)表了撤銷帝制的通電，宣布廢除洪憲年號，８３天的皇帝夢結(jié)束了。
這一天段祺瑞回到家里，張夫人高興地迎上來說：“老頭子終于醒了?！倍戊魅鹉樕蠀s露出了古怪的笑容。
３月２４日，段祺瑞與徐世昌商議，以黎、徐、段三人的名義致電西南護國軍首腦，表示“帝制取消，公等目的已達，務(wù)望先戢干戈，共圖善后”之意，黎元洪也表示同意。但段祺瑞沒有將電稿立即發(fā)出，而是想觀望一下，暗中摸摸西南方面的底?？墒牵蟪鲆饬系氖?，３月２８日，在他毫不知曉的情況下，電報竟然已經(jīng)發(fā)了出去。
段祺瑞簡直氣歪了鼻子，他打電話給徐、黎二人，二人皆不知情，再打電話給總統(tǒng)府，才知道是袁世凱指示發(fā)出的。原來，袁見段遲遲不發(fā)這份電報，惟恐他態(tài)度有變，就指示把電稿發(fā)了。
段祺瑞覺得自己又被袁世凱愚弄了，怒氣沖沖地說：“都到什么地步了，還要這么包打天下。好吧，你事事要管，那就讓你一個人去管吧！”
４月１日，袁世凱親擬了一份關(guān)于議和條件的電稿，派人送給段祺瑞征求意見，段祺瑞原封不動地將此退回，袁世凱又派人送來，段對來人說：“總統(tǒng)想怎么辦就怎么辦好了，不必來問我。”
北邊袁、段出現(xiàn)新矛盾，南方卻咄咄逼人，要求袁世凱退位。４月中旬，蔡鍔、唐繼堯等聯(lián)名提出六項條件，這六項條件極其嚴(yán)厲：袁退位后免其一死，但必須逐出國外；誅帝制禍?zhǔn)讞疃鹊仁艘灾x天下；大典籌備費用及用兵費六千萬，應(yīng)查袁氏及帝制禍?zhǔn)资说呢敭a(chǎn)賠償之；袁氏子孫三世應(yīng)剝奪公民權(quán)；依照民國約法，推舉黎元洪副總統(tǒng)繼任大總統(tǒng)；除國務(wù)外，文武官吏照舊供職，但關(guān)于軍隊駐地，要接受護國軍都督的指令。
南方要袁世凱退位，袁卻死抱著總統(tǒng)不放。段祺瑞撒手不管，北洋將領(lǐng)或主和或主戰(zhàn)，徐世昌這個不滿一個月的國務(wù)卿覺得夾在中間白白受氣，提出辭職。徐世昌辭職了，誰來接替他呢？
袁世凱想到的還是段祺瑞，段祺瑞在反對帝制時與西南方面保持默契，與蔡鍔、梁啟超等也有聯(lián)系，交涉起來有利。退一步，若和談不成動用武力，段也是最佳人選。對于袁世凱的提議，段祺瑞也毫不客氣地提出一個先決條件：讓他做國務(wù)卿可以，但必須實行責(zé)任內(nèi)閣制，即由段祺瑞掌握實權(quán)。
內(nèi)外交困，袁世凱束手無策，只得做出讓步。４月２１日，他下達了恢復(fù)責(zé)任內(nèi)閣的電令。４月２２日，段祺瑞就任國務(wù)卿，開始大刀闊斧地干起來。
首先，他撤政事堂改國務(wù)院，廢國務(wù)卿改國務(wù)總理，接著又提出裁撤統(tǒng)率辦事處、總統(tǒng)府機要局、軍政執(zhí)法處三機關(guān)，并收容模范團、拱衛(wèi)軍為陸軍部。袁世凱得知后，氣得渾身發(fā)抖，連連罵道：“段芝泉別有用心！別有用心！”
段祺瑞大權(quán)在握，則主張和平解決，反對用兵，但西南方面卻堅持和平解決的前提是袁世凱必須引退。段祺瑞也只好拖著日子，袁世凱疑心又起。這時，蔡鍔、梁啟超又愿推舉段為攝政取代總統(tǒng)，袁世凱對段祺瑞更加猜疑，在許多事情上暗中掣肘，袁、段兩人的沖突連連不斷。
段祺瑞提出徐樹錚任國務(wù)院秘書長，秘書長雖不是閣員，但卻是總理的直接助手，比閣員還重要，袁世凱卻主張由原政事堂機要局局長王式通擔(dān)任。段祺瑞當(dāng)然不愿身邊多一個袁世凱的心腹，于是托王士珍向袁世凱說項。王士珍老奸巨猾，表面答應(yīng)，其實根本不提，段祺瑞又讓張國淦和袁世凱說，袁世凱以總理是軍人，秘書長再弄個軍人不合適為由推辭。張國淦無可奈何，回去見段祺瑞，段祺瑞勃然變色，鼻子立時向左歪斜。
段祺瑞的和平方案沒有進展，袁世凱卻慫恿徐、皖、魯、奉、吉六將軍公開電請武力解決，不惜一戰(zhàn)，段祺瑞則堅決反對。袁世凱大怒道：“和又和不了，戰(zhàn)又不想戰(zhàn)，你到底想干什么？”
段祺瑞也毫不客氣地回答：“如果總統(tǒng)堅持用兵，那我只有辭職?！?/p>
果真，段祺瑞立即遞上辭呈。袁世凱又氣又恨，索性撇開段祺瑞，親自出面主持對西南的軍事行動。然而此時的袁世凱已是心有余而力不足，坐鎮(zhèn)江寧的馮國璋態(tài)度曖昧，四川將軍陳宦、湖南將軍湯薌茗通電獨立。終于，５８歲的袁世凱一病不起。
１９１６年６月５日，袁世凱病情陡然惡化。于夫人哭著告訴了張夫人，總統(tǒng)病危，急欲見段祺瑞一面。段祺瑞火速趕到懷仁堂。
段祺瑞
聽到段祺瑞來了，袁世凱睜開眼，微微點頭示意。段祺瑞彎下腰，壓低聲音問道：“總統(tǒng)，有何吩咐？”
袁世凱半晌不做聲，而后對段祺瑞說：“芝泉，今后一切都要靠你了?！?/p>
這是袁世凱對段祺瑞的臨終囑托，不知是希望段祺瑞照顧好袁家，還是主持大局，抑或兩者兼而有之。次日上午，袁世凱病逝。
袁世凱一死，段祺瑞對袁家完全拋棄了以前的怨恨，對袁世凱進行了隆重的國葬，表現(xiàn)了對袁的極大忠誠。
段祺瑞通令全國下半旗致哀，停止娛樂一天，學(xué)校停課一天，文武官吏停止宴會２７天，在財政幾乎崩潰的情況下，撥銀幣５萬元作為喪葬費，成立恭辦喪禮處，內(nèi)務(wù)總長王揖唐和周自齊等籌辦大喪典禮，段祺瑞率各部總長輪流守靈，河南巡按使負責(zé)營建袁氏之墓，占地近１４０畝，工程持續(xù)兩年才完成。
６月２３日，段祺瑞以總理身份主持政府公祭，各國使節(jié)、文武大員盡數(shù)到場。靈車用的是當(dāng)年運送慈禧太后棺柩的豪華膠輪車，并派馬、步兵近兩個團護送，段祺瑞親自扶柩送至前門車站。
府院之爭，以黎元洪失敗而告終，但黎又請來辮帥張勛，張解散國會，扶溥儀重登帝位，引起全國反對。段祺瑞乘機在馬廠誓師，反對帝制，自稱再造共和。
袁世凱死后，副總統(tǒng)黎元洪繼任大總統(tǒng)職，為了平息與西南方面的紛爭，段祺瑞同意恢復(fù)臨時約法和召集國會，于是南北融合，氣象一新。
然而，國內(nèi)和平剛一實現(xiàn)，黎、段之間的矛盾馬上繼之而來。段祺瑞依然是段祺瑞，而黎元洪不是袁世凱，段祺瑞根本不把他放在眼里，不僅段祺瑞驕橫，連徐樹錚及手下人對黎元洪也十分無禮。
一次，國務(wù)院任命了幾位外省的廳長，徐樹錚拿著委任令去總統(tǒng)府蓋印。黎元洪見名單上的幾個人名字很陌生，便隨口問了一下。徐樹錚便不耐煩了，用訓(xùn)斥地口氣說道：“你問那么多干什么？讓你蓋印你只管在最后一頁蓋就是了。我還忙得很，哪有閑工夫？”黎元洪氣得臉色發(fā)白。
黎元洪忍氣吞聲，其幕僚憤憤不平，于是和國會中反段力量聯(lián)合。國會中“韜園派”反段最為激烈，首腦是段祺瑞最討厭的孫洪伊。孫洪伊進京后，與黎元洪商議提出聯(lián)直排皖、聯(lián)馮排段的計劃。
面對總統(tǒng)與總理的沖突，總統(tǒng)府秘書長張國淦兩面為難，于是干脆辭職撒手不干，接替他的是總統(tǒng)府方面強硬的代表丁世嶧。丁一上任便提出要劃分府院權(quán)限，這一提議仿佛在熱油鍋里灑了水。段祺瑞氣得一拍桌子道：“好吧！我不干了，讓黎黃陂一個人干吧！”
段祺瑞甩手不管，黎元洪害怕了，趕緊找人向段表白，同時也向他訴苦，反映國務(wù)院某些人目無總統(tǒng)。段祺瑞也不想把事情鬧大，趁機重新視事，同時對部下作了一些約束。
一波未平，一波又起，國務(wù)院內(nèi)狼煙四起，鬧事的是內(nèi)務(wù)總長孫洪伊。
事情起因很多，主要緣于一件事，國務(wù)院任命郭宗熙為吉林省省長和查辦福建省長胡瑞霖案。因為國務(wù)總理發(fā)布的命令還需經(jīng)分管的總長副署方可生效，而徐樹錚為了免得孫洪伊從中作梗，直接越過了孫洪伊。孫洪伊自然得理不讓人，要求查辦徐樹錚，段祺瑞想把大事化小，孫洪伊一氣之下便遞辭呈。后來雖然未辭成，卻埋下了禍因。
徐樹錚受了孫洪伊的氣，發(fā)誓要進行報復(fù)。機會來了，孫洪伊撤換了袁世凱時代的內(nèi)務(wù)部舊職員３０余名，這些人或多或少與北洋高級官員有聯(lián)系，事情捅到了段祺瑞那里。
有了總理的支持，被解職的人員便向政府仲裁機構(gòu)平政院提出訴訟，平政院也明白總理在背后撐腰，便判決原告勝訴，要內(nèi)務(wù)部限期撤銷解職令。孫洪伊不干，聲稱平政院是袁世凱私立機構(gòu)，其判決不足為據(jù)。
事情弄到這個份上，段祺瑞便不能不說話了。他要孫洪伊接受裁決，孫洪伊索性橫下心來，堅決不同意。段祺瑞氣得火冒三丈，說：“你這是結(jié)黨營私，濫用私人！平政院的判決我看很合理，難道就沒人管得了你了？”
孫洪伊索性撕下了臉，大聲道：“我撤除的是帝制余孽，官廳不能成為庇護他們的場所?！?/p>
段祺瑞決心除去孫洪伊，于是簽署了罷免令。黎元洪大吃一驚，壓下了這道命令。徐樹錚催促了四次，都無結(jié)果。
段祺瑞被激怒了，親自出馬見黎元洪，氣沖沖地問：“孫洪伊的罷免令已經(jīng)送來好幾天了，大總統(tǒng)不會不知道吧？”
黎元洪支支吾吾，說應(yīng)當(dāng)慎重考慮這件事，段祺瑞火冒三丈，說：“照你這么說，我是不慎重了？”
“這個，唔，這個……”
“那好，大總統(tǒng)既不免他的職，就請免我的職吧！”
孫洪伊的事使段祺瑞與黎元洪鬧僵了，于是請來徐世昌調(diào)解。徐世昌哪邊也不得罪，擺出一副公允的姿態(tài)，兩邊各打五十大板，提出孫洪伊和徐樹錚同時免職。黎元洪自然明白自己不可能取得最后勝利，打個平手也就滿意了。但卻不知段祺瑞意下如何，又轉(zhuǎn)請許世英向段祺瑞提這個方案。
許世英時任交通總長，是段的大同鄉(xiāng)，而且兩人有金蘭之好，是段祺瑞的親信，他在和段祺瑞下棋的時候委婉地說出了徐世昌的建議。段祺瑞考慮良久，說：“你去對黎黃陂說要免丁世嶧一起免?！?/p>
于是，孫洪伊、徐樹錚、丁世嶧先后被免職，事情暫告一段落。
１９１７年２月，段祺瑞和黎元洪因為對德問題再次產(chǎn)生尖銳的沖突，并導(dǎo)致了兩人之間的徹底決裂。
１９１７年２月３日，美國宣布與德國絕交，段祺瑞和黎元洪一致贊成對德宣戰(zhàn)。首先，在２月９日，內(nèi)閣通過了對德國潛艇政策提出抗議的決定，這是中國對德國采取的第一個外交步驟。
３月３日，在段祺瑞的主持下，內(nèi)閣會議又順利地通過了對德絕交案。次日，段祺瑞率全體閣員到總統(tǒng)府請黎元洪在對德絕交咨文上蓋印，黎元洪卻一反以前贊同的態(tài)度，拒絕蓋印。問題出在什么地方？
是帝國主義在背后搗鬼！
黎元洪走的是親美路線，美國人對德絕交，他自然緊隨其上，而段祺瑞是親日派，美、日帝國主義都希望通過促使中國參戰(zhàn)而取得在中國的霸權(quán)。于是美國一旦發(fā)現(xiàn)了中國參戰(zhàn)對日本的好處遠大于己，馬上就改變主意，不再支持中國參戰(zhàn)。
段祺瑞氣勢洶洶，黎元洪卻以不變應(yīng)萬變，支支吾吾加以拖延。
“這么說，大總統(tǒng)是反對對德絕交了？”
“這個，我的意思是，此乃大事，需慎重考慮。再者，絕交是宣戰(zhàn)之先聲，如今各省軍人大多反對參戰(zhàn)。在做出決定之前，也應(yīng)該統(tǒng)一軍界的意見吧？”
黎元洪的話激起了段祺瑞心頭的無名之火，他頂撞道：“軍界的事，無須總統(tǒng)操心，大總統(tǒng)只要蓋印即可，其余的事自有祺瑞應(yīng)付?！?/p>
黎元洪則無論段祺瑞怎么說，仿佛泥菩薩一般，死活不吭聲。
黎元洪不蓋印，段祺瑞便使出殺手锏，撂下挑子乘專車出走天津。協(xié)約國公使紛紛表示關(guān)切，北洋軍人也來湊熱鬧，要求挽留段祺瑞。黎元洪無計可施，嘆口氣說：“外交上的事就由段總理主持，只要國會通過，我將依法辦理，絕不加以干涉?！?/p>
３月６日，段祺瑞在副總統(tǒng)馮國璋和眾議院議長湯化龍的勸說下，回到北京。３月１４日，北京政府宣布對德絕交。
絕交之后自然是宣戰(zhàn)，段祺瑞擔(dān)心的是軍人的態(tài)度，急電各省督軍進京商討。各省督軍原本有不少人反對宣戰(zhàn)，他們害怕讓他們派兵作戰(zhàn)，損害自己的實力。段祺瑞明白他們的心思，明確告訴他們，宣戰(zhàn)無須出兵，中國派遣勞工去歐洲即可。各省督軍一聽，心上的石頭落了地，紛紛表示服從總理的意志。
４月２５日，督軍會議在京召開。各省督軍和代表一致贊成段內(nèi)閣外交政策，并在寫有“贊成總理外交政策”的紙上簽了名，給黎元洪施壓。
５月１日，內(nèi)閣舉行會議，督軍團居然要求參加。有人說軍人干政，傅良佐卻辯解道：“軍人也是國民的一員，對國事發(fā)表意見，怎能說是干政？大總統(tǒng)這么害怕軍人的意見，難道是心中有鬼不成？”
參加內(nèi)閣會議的閣員可憐只有三人：海軍總長程璧光、司法總長張耀曾、農(nóng)商總長谷鐘秀，軍人倒有一大班，于是宣戰(zhàn)案順利通過。段祺瑞趁熱打鐵，利用督軍團使國會和總統(tǒng)屈服。黎元洪這里順利通過了，但國會卻出了問題。
本來國會通過宣戰(zhàn)案問題并不大，湯化龍、梁啟超早就在議員中活動支持段祺瑞，但是傅良佐卻幫了倒忙。
段祺瑞
５月８日，段祺瑞到國會解釋對德政策并接受質(zhì)詢，他矢口否認(rèn)中國參戰(zhàn)背后有著中日幕后交易，聲稱宣戰(zhàn)是本著正義的需要。當(dāng)兩院即將討論提案的時候，各地人民團體紛紛來電支持宣戰(zhàn)，北京城中也出現(xiàn)一些“自發(fā)”的群眾的代表強烈要求對德宣戰(zhàn)，段祺瑞聞之十分滿意，殊不知這是傅良佐背著他搞的把戲，一些外地人民團體的電報實際上都是傅良佐派人從北京電報局發(fā)出的。
５月１０日下午，成群的“自發(fā)公民”包圍了眾議院大樓，他們或搖旗吶喊，或散發(fā)“請愿書”，有的甚至闖進議長辦公室，要求湯化龍允許公民代表列席討論?！肮駡F”的行徑引起了眾議員的義憤，大家集體罷會以示抗議，并準(zhǔn)備離開會場，于是一場騷亂發(fā)生了。
傅良佐急于求成，結(jié)果弄巧成拙，反而使段祺瑞的宣戰(zhàn)案中途告吹，內(nèi)閣總長紛紛辭職，只剩下一個光桿總理了。
段祺瑞決定堅持下去，他一面醞釀新的閣員，一面授意滯京的部分督軍和代表們，繼續(xù)對國會施壓，企圖重開議會通過宣戰(zhàn)案。
然而，一個毀滅性的新聞給了段祺瑞致命的打擊，英文京報披露中日秘密簽訂了一億元的軍事借款。段祺瑞在國會所作關(guān)于中日之間絕無秘密外交的證詞完全是一個謊言！
令人意外的是，一向軟弱可欺的黎元洪突然挺直了腰桿，下令免去了段祺瑞國務(wù)總理和陸軍總長的職務(wù)。５月２３日，張國淦聽說黎元洪要免段，剛想開口勸說，站在一邊的金水炎沖了過去，拔出手槍對準(zhǔn)張國淦：“不許開口！開口我就打死你！”
段祺瑞氣得鼻子又歪了。他的鼻子惟有盛怒的時候才會歪，這種情況少得很，而像這次鼻子居然向左邊歪了二指多則更是少之又少，不但是空前，或許也是絕后的了。
黎元洪的強硬是因為他意外地得到一位實力派人物的支持，這位實力派人物就是大名鼎鼎的定武上將軍、長江巡閱使，號稱十三省大盟主的辮子大帥張勛。張大帥明確向黎總統(tǒng)表示，隨時準(zhǔn)備奉召入京，維護治安，黎元洪得此許諾，腰桿頓時硬了，信心大增，覺得可以藉此與段祺瑞斗法，于是出現(xiàn)了上一幕。
段祺瑞沒想到黎元洪敢免他的職，怒氣沖沖地離開北京去天津，并發(fā)表通電表示不承認(rèn)黎元洪的免職令。一時間，倪嗣沖、陳樹藩、張作霖、趙倜、曹錕等各省督軍紛紛通電響應(yīng)，指責(zé)黎元洪是個“奸人”，甚至要誓師北伐。
北京局勢動蕩不安，各國使節(jié)紛紛表示“憂慮”，新任命的國務(wù)總理李經(jīng)羲不敢到京上任。黎元洪如坐針氈，無奈之下，急電調(diào)張勛入京。
１９１７年６月７日，張勛率六千辮子軍向北京進發(fā)。在民初軍界中，張勛是一大怪物，民國六年了，他依然垂著一條辮子，并且聲稱：“誰敢碰一碰我的辮子，我就和他同歸于盡?！弊匀?，他的定武軍也是名符其實的“辮子軍”了。張勛一向目空一切，以前輩自居，不將段祺瑞和馮國璋放在眼里，這次支持黎元洪，自然有他的小九九。
張勛是想借帶兵入京調(diào)停之機，行復(fù)辟之實，把溥儀從紫禁城中重新請出來。張勛主張復(fù)辟一事，已是眾人皆知，但關(guān)鍵是什么時候干這件事。張勛入京經(jīng)過天津時，曾和段祺瑞有幾次會晤。段祺瑞曾不止一次勸他不要搞復(fù)辟，并且鄭重地表示：“你如復(fù)辟，我一定打你?！睆垊滓脖硎荆骸皬?fù)辟不能變更，但目前還不想辦?！钡诎档乩?，張勛已經(jīng)是：“雖千萬人，吾往矣”的態(tài)度，聲稱即便赴湯蹈火，也在所不辭。
黎元洪沒想到自己搬來的救星成了災(zāi)星，張勛勒令他三天內(nèi)解散國會。７月１日，北京的大街小巷飄起了大清國的龍旗。７月２日，黎元洪秘密簽署了免去李經(jīng)羲總理的命令。特任段祺瑞為國務(wù)總理，并命其討伐張勛，同時，簽發(fā)了請馮國璋代行大總統(tǒng)職務(wù)的電報，自己于７月３日躲進了東交民巷。
張勛不聽勸告，抬出了溥儀。段祺瑞敲著桌子說：“只有打了，這可是他逼我這樣做的?！?/p>
７月２日凌晨，段祺瑞來到了駐在馬廠的李長泰第八師。下午，梁啟超也風(fēng)塵仆仆地趕到馬廠，段祺瑞親自迎接，寒暄道：“任公上任，軍威大振?！保吩拢慈眨戊魅鹨杂懩孳娍偹玖畹拿x，發(fā)出討伐張勛的通電和發(fā)布討逆檄文，馮國璋在南京通電響應(yīng)。７月５日，先頭部隊向天津進發(fā)，梁啟超手書一聯(lián)贈李長泰，聯(lián)云“上將軍段祺瑞討叛國逆張勛?！?/p>
７月５日，戰(zhàn)斗打響了。討逆軍以壓倒優(yōu)勢猛攻，辮子軍倉皇失措，向城里潰敗。航空學(xué)校的兩架飛機也奉命飛到辮子軍陣地投擲炸彈，之后又飛臨紫禁城上空進行轟炸。據(jù)說這是中國軍事史上首次使用飛機作戰(zhàn)。
到７月１２日晨，全城只剩下南河沿張勛住宅仍在抵抗。這時，一輛插著荷蘭國旗的車通過陣地駛進張勛的公館，這輛汽車是來接張勛的。車上有一德國人，兩個荷蘭人和一個翻譯。張勛家人已經(jīng)避往荷蘭使館，只剩下張勛和二太太邵夫人。張勛死活不肯上車，幾個外國人急了，不由分說架著張勛上了車。
北京城又飄起了五色國旗。
平定張勛復(fù)辟是段祺瑞一生頗為自得的事，繼他發(fā)電威脅清帝退位“一造共和”后，段祺瑞在六年后又“再造共和”了。
